In der Saison 2008/09 wurde die vierthöchste Spielklasse im Wesentlichen wie in der Vorsaison in drei Etappen ausgetragen. In der 1. Etappe wurde die Liga in eine Qualifikationsrunde (türkisch Kademe Grupları) in fünf Gruppen mit jeweils zehn bzw. elf Mannschaften mit Hin- und Rückspielen gespielt. Nach dem Ende der 1. Etappe wurden die ersten zwei Mannschaften aus allen Gruppen in eine gemeinsame Gruppe, der Aufstiegsrunde (türkisch Yükselme Grubu), aufgenommen, und spielten hier um den Aufstieg in die TFF 2. Lig. Die restlichen Teams in den fünf Gruppen der Qualifikationsrunde spielten in unveränderter Gruppenkonstellation nun in einer Abstiegsrunde (türkisch Düşme Grupları) um den Abstieg in die regionalen Amateurligen. Sowohl die Aufstiegsrunde als auch die Abstiegsrunde stellten dabei die 2. Etappe dar und wurden mit Hin- und Rückspiel gespielt. Die Mannschaften auf den ersten zwei Plätzen der Aufstiegsrunde stiegen direkt in die TFF 2. Lig auf und die letzten drei Mannschaften der ersten vier Gruppen der Abstiegsrunde stiegen in die regionale Amateurliga ab. Lediglich in der Abstiegsgruppe 5, die aus 9 Mannschaften bestand, stieg der Tabellenletzte ab. Während die Punkte aus der Qualifikationsrunde nicht in die Aufstiegsrunde mitgenommen wurden, wurden sie in die Abstiegsrunde unverändert mitgezählt. Die 3. Etappe wurde wieder in Form einer Play-off-Runde mit acht Mannschaften durchgeführt. Die Mannschaften auf den Plätzen drei bis fünf der Aufstiegsrunde und alle Gruppenersten aller Abstiegsgruppen sollten im K.-o.-System den dritten und letzten Aufsteiger ausspielen. Die Playoffs wurden zum Ende der Gruppenphase in einer für alle acht Mannschaften neutralen Stadt ausgetragen.
Änderungen gegenüber der Vorsaison
Im Gegensatz zur Vorsaison wurden vier der fünf Qualifikations- bzw. Abstiegsgruppen mit einer Mannschaft mehr gespielt und in einer Gruppe mit einer Mannschaft weniger. Dadurch stieg die Gesamtmannschaftszahl von 50 auf 53. Darüber hinaus stiegen nicht wie in der Vorsaison die letzten zwei Mannschaften aller Abstiegsgruppen ab, sondern diesmal die letzten drei Mannschaften aller Abstiegsgruppen. Letzte Saison stiegen insgesamt sechs Mannschaften auf und in dieser Saison nur drei. Die mit acht Teams gespielten Playoffs wurden in der vergangenen Spielzeit zweigleisig gespielt, da über die Playoffs indirekt aufstiegen. In dieser Saison waren die Playoffs nur eingleisig, da nur eine Mannschaft über die Playoffs aufsteigen sollte. Während in der Vorsaison aus der Aufstiegsrunde die Mannschaften auf den ersten vier Tabellenplätzen aufstiegen, waren es diesmal nur die ersten zwei Mannschaften.
Mit dem Erreichen des 1. Tabellenplatzes der Abstiegsrunden qualifizierten sich Gaziosmanpaşaspor (Gruppe 1), Menemen Belediyespor (Gruppe 2), Keçiörengücü (Gruppe 3), Yimpaş Yozgatspor (Gruppe 4) und Malatya Belediyespor (Gruppe 4) und als 3. bis 5. Platzierte Siirtspor, Kırıkhanspor und Torbalıspor für die Teilnahme an den Playoffs.
Im Gegensatz zur Vorsaison stiegen diesmal über die Playoffs nicht zwei Teams auf, sondern nur eins. Daher wurden die Playoffs nicht zweigleisig, sondern eingleisig gespielt. Die Spiele der Playoffs als neutrale Orte für alle Teams in Fethiye gespielt.
Das Playofffinale erreichten Malatya Belediyespor und Keçiörengücü. Dabei setzt sich Keçiörengücü mit 5:3 nach Elfmeterschießen gegenüber Malatya Belediyespor und stieg in die 2. Lig auf.
Besondere Vorkommnisse
Zum Saisonstart kaufte die Bezirksverwaltung des Istanbuler Stadtteils Kartal den Verein Yıldırım Bosnaspor auf und nannte ihn in Istanbul Kartal Belediyespor (zu deutsch: Sportklub der Bezirksverwaltung von Istanbul Kartal) um.
Der Stadtverwaltungssportklub Keçiören Belediyespor des Stadtteils Keçiören aus der türkischen Hauptstadt Ankara wurde vor dem Saisonstart in Keçiören Sportif umbenannt.
