Die Super League 2012/13 war die 77. Spielzeit der höchsten griechischen Spielklasse im Männerfußball sowie die siebte Austragung unter dem Namen Super League. Sie begann am 25. August 2012 und endete am 2. Juni 2013 mit dem letzten Spieltag der Europa-League-Playoffs.
Titelverteidiger Olympiakos Piräus konnte die Meisterschaft erfolgreich verteidigen.
Der wohl überraschendste Neuling in der höchsten Liga ist der AO Platanias aus Kreta. Begünstigt durch die Zwangsabstiege, schaffte es der Verein in kürzester Zeit mehrere Ligen aufzusteigen und findet sich nun erstmals in der Super League.
Nach Abschluss der regulären Saison spielten die Teams auf den Plätzen zwei bis fünf um internationale Startplätze. Die drei letztplatzierten Vereine hingegen stiegen in die Football League ab. Die Spiele begannen am 25. August 2012.
Panathinaikos Athen wurden zwei Punkte wegen Ausschreitungen in der Vorsaison abgezogen. Im Entscheidungsspiel um Platz 6 setzte sich Panathinaikos mit 3:0 gegen Xanthi durch.
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Im vorletzten Spiel der Saison stürmten Fans von AEK Athen das Spielfeld kurz vor Spielende. Die Partie wurde mit 0:3 für Panthrakikos gewertet und AEK 3 Punkte abgezogen.
Die Mannschaften auf den Plätzen zwei bis fünf der Hauptrunde erreichten die Play-offs, in denen die drei weiteren Teilnehmer an internationalen Wettbewerben ausgespielt wurden. Dabei erhielten die Vereine, die in der regulären Saison die Plätze zwei bis vier belegt haben, einen Punktevorsprung im Ausmaß von 1/5 des Punktevorsprungs auf den Fünften der regulären Saison (mit kaufmännischer Rundung): so erhielt PAOK Saloniki aufgrund des Vorsprungs von 18 Punkten einen Vorsprung von 4 Punkten (18/5=3,6, gerundet auf 4). Asteras Tripolis hat 12 Punkte Vorsprung und bekam deswegen 2 Punkte (12/5=2,4, gerundet auf 2) und Atromitos Athen hatten in der regulären Saison 2 Punkte Vorsprung und startete daher ohne Bonus in die Play-offs (2/5=0,4, gerundet auf 0). Jeder spielte gegen jeden ein Hin- und Rückspiel, sodass jeweils 6 Partien ausgetragen wurden.
Asteras Tripolis hatte das griechische Pokalfinale gegen Meister Olympiakos Piräus verloren und war somit als Pokalfinalist für die Europa League qualifiziert.
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Skoda Xanthi erhielt den Startplatz in der 2. Qualifikationsrunde zur UEFA Europa League 2013/14, da PAS Ioannina und Panathinaikos Athen keine UEFA Lizenz erhielten.