1958 wurde Botha als Kandidat der Nasionale Party (NP) erstmals zum Mitglied der Nationalversammlung gewählt und vertrat in dieser bis 1983 den WahlkreisSoutpansberg. In der Folgezeit wurde er Vorsitzender der Land-Gruppe der Nationalpartei, Vorsitzender der Nationalpartei in der Provinz Transvaal und gehörte den Verwaltungsräten der TageszeitungenDagbreek sowie Vaderland als Mitglied an. 1966 wurde er Mitglied des Parlamentsausschusses für Bantu-Angelegenheiten. Anfang 1968 wurde er stellvertretender Minister für Wasserangelegenheiten
Im Zuge einer Kabinettsumbildung löste Botha 1976 Marais Viljoen als Minister für Arbeits- und Arbeitskräfte ab. Zugleich wurde er 1976 Nachfolger von Piet Koornhof als Bergbauminister und war in dieser Funktion auch für Energie zuständig. Als es Ende der aufgrund der sogenannten Muldergate-Affäre zum Rücktritt von Informationsminister Cornelius Petrus Mulder kam, der als aussichtsreichster Nachfolger von Premierminister Vorster galt, gehörte Botha neben Verteidigungsminister Pieter Willem Botha und AußenministerPik Botha zu den möglichen Kandidaten für das Amt des Premierministers.[1] Im Februar 1979 gab er sein Amt als Bergbauminister ab, das nunmehr aufgeteilt wurde, woraufhin Frederik Willem de Klerk Bergbau- und Chris Heunis Energieminister wurde.
Am 15. November 1983 trat er von seinem Amt als Minister für Arbeit und Arbeitskräfte zurück, nachdem bekannt wurde, dass er finanzielle Unterstützung aus Israel erhielt.[2] Sein Nachfolger als Minister für Arbeit und Arbeitskräfte wurde daraufhin Pietie du Plessis.