Das Bataillon wurde 1997 aufgestellt und zum 1. April 2014 aufgelöst. Ihre Aufgaben werden durch die zum 1. April 2014 neu aufgestellten Verbände Seebataillon und Kommando Spezialkräfte der Marine fortgeführt.
Zur Erfüllung ihrer Aufgaben verfügten die SEK M über zwei Mehrzwecklandungsboote der Barbe-Klasse: Lachs und Schlei. Darüber hinaus standen für die Taucherausbildung das Minentauchereinsatzboot Rottweil und das Taucherschulboot Langeoog zur Verfügung.