Perdue wurde in Perry geboren und wuchs im Houston County auf. Sein Vater war Landwirt, seine Mutter Lehrerin. In seiner Kindheit wurde er nicht bei seinem eigentlichen Vornamen George, sondern Sonny gerufen. Purdue diente in der US Air Force und erreichte den Rang eines Captains. An der University of Georgia erwarb er den Doctor of Veterinary Medicine, das in den USA übliche Berufsdoktorat der Tiermedizin. Anschließend arbeitete er in North Carolina als Tierarzt in einer privaten Praxis.
Im November 2002 gewann er die Gouverneurswahlen gegen Amtsinhaber Roy Barnes; er war damit der erste republikanische Gouverneur in Georgia seit 1872. Vier Jahre später wurde er mit 60 % der Stimmen wiedergewählt; sein Gegner war der demokratische Kandidat Mark Taylor. Da ihm die Staatsverfassung eine erneute Kandidatur untersagte, schied er im Januar 2011 aus dem Amt; sein Nachfolger wurde Nathan Deal.