Anders studierte Germanistik in ihrer Heimatstadt und wurde von der Kulturfabrik Kampnagel für erste Dramaturgien verpflichtet. Ab 1990 arbeitete sie als Dramaturgieassistentin und schließlich als Dramaturgin am Hamburger Schauspielhaus. 1993 wurde sie von Friedrich Schirmer als Dramaturgin ans Staatstheater Stuttgart verpflichtet. 2000 kehrte sie nach Hamburg zurück, als Dramaturgin am Thalia Theater unter der Intendanz von Ulrich Khuon, und übernahm dort ab der Spielzeit 2005/06 die Funktion der Chefdramaturgin. Ab der Spielzeit 2009/10 bis zur Spielzeit 2017/18 fungierte Anders als Chefdramaturgin und stellvertretende Intendantin am Deutschen Theater Berlin (Intendanz: Ulrich Khuon). Sie arbeitet regelmäßig, zum Teil seit vielen Jahren, mit den Regisseuren Stephan Kimmig, Martin Kušej, Nicolas Stemann und Michael Thalheimer zusammen.[1]
Seit der Spielzeit 2019/2020 ist Sonja Anders Intendantin am Schauspiel Hannover.[2] Ihr Vertrag wurde bis zur Spielzeit 2028/29 verlängert.[3] Im Januar 2023 wurde bekannt, dass sie ab der Spielzeit 2025/26 Intendantin am Thalia Theater Hamburg werden würde.[4][5]