Koutoubi wurde am 4. März 1985 ernannter Bürgermeister von Niamey und löste auch in dieser Funktion Garba Sidikou ab. Sein Amtstitel war zunächst Präfekt-Bürgermeister (préfet-maire) und ab 24. November 1988, mit der Umwandlung Niameys in einen Gemeindeverbund (communauté urbaine), Präfekt-Präsident (préfet-président).[3] Er prägte während seiner Amtszeit die Stadtentwicklung insbesondere durch Maßnahmen im Bereich des Straßenbaus und des Umweltschutzes.[4] Er wurde zusätzlich am 23. Mai 1987 von dessen Generalversammlung zum Präsidenten des Comité Olympique et Sportif National du Niger, des Nationalen Olympischen Komitees Nigers, gewählt.[5] Als Bürgermeister von Niamey wurde er am 19. Mai 1989 von Torda Haïnikoye abgelöst.[3]