San Juanito liegt etwa 70 km vor der Westküste Mexikos im äußersten Norden der Islas Marías, rund 5 km nördlich von María Madre, der größten Insel der Inselgruppe. Die unbewohnte Insel ist rund 5 km lang, bis zu 2,6 km breit und weist eine Fläche von 9,105 km² auf.[1] Sie ist damit die kleinste der vier Hauptinseln, allerdings existieren im Archipel noch fünf Felseilande mit deutlich geringerer Fläche.
Tierwelt (Fauna)
Die für die Islas Marías endemische Tres-Marias-Hirschmaus (Peromyscus madrensis) kommt im Gegensatz zu María Madre und María Magdalena auf San Juanito häufig vor, da die Insel frei von eingeschleppten Ratten ist.
