San Bartolo liegt im bolivianischen Tiefland am Rande des südamerikanischen Pantanal, einem über weite Strecken unberührten Feuchtgebiet im bolivianisch-brasilianischen Grenzgebiet. Das Klima der Region ist ein semi-humides Klima der warmen Tropen.
Die monatlichen Durchschnittstemperaturen schwanken im Jahresverlauf nur geringfügig zwischen 21 °C im Juni und 26,6 °C im Oktober (siehe Klimadiagramm San Ignacio), wobei sie zwischen September und März fast konstant oberhalb von 25 °C liegen. Das Temperatur-Jahresmittel beträgt 24,5 °C. Die jährliche Niederschlagsmenge liegt im langjährigen Mittel bei 1200 mm. Drei Viertel des Niederschlags fallen in der Regenzeit von November bis März, während in der Trockenzeit in den ariden Monaten Juni bis August weniger als 30 mm pro Monat fallen.
Verkehrsnetz
San Bartolo liegt in einer Entfernung von 536 Straßenkilometern nordöstlich von Santa Cruz, der Hauptstadt des Departamentos.
