Die Kirche wurde 1578 begonnen, deshalb zeigt der Chor als ältester Teil noch Merkmale der Gotik zur Renaissance, 1601 entstand die dreischiffige Basilika mit drei manieristischen Marmorportalen. 1625 erfolgte die Fertigstellung der Orgelempore, danach die Stuckierung der Kirche. 1638 bis 1653 arbeiteten die Architekten Carlo Lurago, Francesco Caratti und František M. Kaňka an den Emporen, der Kuppel und zuletzt an der Vorhalle. Die Schauseite prägten die Steinplastiken von Johann Georg Bendl. Zuoberst Christus als Erlöser der Welt.
1990 kam es zur Wiederaufnahme der Studentenseelsorge, und 2004 wurde die erste akademische Pfarrei der Tschechischen Republik unter Tomáš Halík errichtet.
