Saint-Jean-Pierre-Fixte liegt etwa 52 Kilometer westsüdwestlich von Chartres. Das Gemeindegebiet wird vom Flüsschen Rhône durchquert, an der nordwestlichen Gemeindegrenze verläuft sein Zufluss Jambette. Umgeben wird Saint-Jean-Pierre-Fixte von den Nachbargemeinden Nogent-le-Rotrou im Norden, Trizay-Coutretot-Saint-Serge im Osten, Souancé-au-Perche im Süden sowie Mâle im Westen.