Margalef arbeitete am Institut für Angewandte Biologie (1946–1951) und am Institut für Fischereiforschung, das er von 1966 bis 1967 leitete. Er schuf die Abteilung für Ökologie der Universität Barcelona, wo er eine große Zahl an Ökologen, Limnologen und Ozeanographen anleitete. 1967 wurde er Spaniens erster Professor für Ökologie.
Die Auszeichnung mit dem Ramón-Margalef-Preis beinhaltet ein Kunstwerk, das die Alge Picarola margalefii vereinfacht darstellt.[1]
Im Jahr 2004 hat die katalanische Regierung den Premi Ramón Margalef d'Ecologia ins Leben gerufen. Der mit 80.000 Euro dotierte Preis wird von der Generalitat de Catalunya jährlich an Persönlichkeiten verliehen, deren besondere wissenschaftliche Leistung auf dem Gebiet der Ökologie und Umweltwissenschaften international gewürdigt werden soll.[2][3] Nach ihm ist das im Sommer 2011 in Dienst gestellte, wissenschaftliche ForschungsschiffRamón Margalef benannt,[4] das beispielsweise im darauf folgenden Herbst nach einem submarinen Vulkanausbruch vor El Hierro Untersuchungen vornahm.[5]
Die MikroalgePicarola margalefii aus der Gruppe der Coccolithophorida, die in Mittelamerika heimische Orchidee Trichocentrum margalegfii (Syn. Lophiaris margalefii) und der Ruderfußkrebs Acartia margalefi wurden nach ihm benannt.[6]
