Sie befindet sich im 11. Sektor des DepartamentoPaysandú jeweils einige Kilometer nordöstlich von Lorenzo Geyres und südöstlich der Stadt Quebracho. Durch Queguayar fließt der Larga, ein linksseitiger Nebenfluss des Arroyo Quebracho Grande. Unweit südwestlich bzw. südöstlich von Queguayar entspringen die beiden rechtsseitigen Nebenflüsse des Río Queguay Grande, der de Agesta und der de las Piedras.