Die Prva Makedonska Liga 2003/04 war die zwölfte Spielzeit der höchsten Fußballliga Nordmazedoniens. Die Spielzeit begann am 8. August 2003 und endete am 30. Mai 2004. Titelverteidiger war Vardar Skopje. FK Pobeda Prilep wurde zum ersten Mal mazedonischer Meister.
Die zwölf Mannschaften traten in je drei Runden gegeneinander an, sodass 33 Spieltage zu absolvieren waren. Die Teams, die nach 22 Spielen die ersten sechs Plätze belegten hatten insgesamt 17 Heimspiele, die anderen 16. Die beiden Letzten stiegen ab.