Pinchas Menachem Alter wurde in Góra Kalwaria geboren. Er war der einzige Sohn der zweiten Ehe des Rabbiners Avraham Mordechai Alter mit Feyge Mintshe Biderman. Er hatte vier Halbbrüder, darunter die Rabbiner Yisrael Alter und Simcha Bunim Alter, und zwei Halbschwestern. Nach dem Zweiten Weltkrieg heiratete er seine Cousine Tzipora Alter.
An seiner Beerdigung nahmen einige zehntausend Menschen teil.