Nach einem Erlass von Kaiser Josef II. übernahm der Orden der Piaristen 1788 diese Kirche und das Kloster der verbotenen Jesuiten, in dem sie ein Gymnasium betrieben. 1909 wurde nach den Plänen von Alexander Baumgarten und László Székely unter der Bauleitung von Arnold Merbl hier ein Piaristengymnasium mit der Piaristenkirche gebaut. Die alte Kirche wurde 1911 abgerissen, nachdem die Mönche 261 Skelette aus der Gruft der alten Kirche in die neue Kirche verlagert hatten. Unter ihnen befanden sich auch die körperlichen Überreste von Carl von Greth, dem ehemaligen Kommandanten der Stadt, dessen Ehefrau Johanna von Honrath, sowie von österreichischen Soldaten, welche die Stadt während der Belagerung von 1848 verteidigt hatten. Die neue Kirche wurde dem Heiligen Kreuz gewidmet. Der Altar der Kirche stammt aus München.
Die Mönche, deren Orden die Lehrtätigkeit 1948 durch das kommunistische Regime verboten wurde, gaben sich zu dieser Zeit in der Kirche heimlich ihren Studien hin.
