Einer seiner Forschungsschwerpunkte ist die automatisierte Analyse von Daten in wissenschaftlichen Publikationen und die Entwicklung von virtuellen Communities und des semantischen Webs. Er war beteiligt an der Entwicklung von verschiedenen Auszeichnungssprachen, zum Beispiel der Chemical Markup Language.[2] Er ist prominenter Fürsprecher von Open Data, vor allem in der Wissenschaft.[3]
Peter Murray-Rust, Henry S. Rzepa: Chemical Markup, XML, and the Worldwide Web. 1. Basic Principles. In: Journal of Chemical Information and Computer Sciences. Jg. 39, Heft 6, 1999, ISSN0095-2338, S.928–942, doi:10.1021/ci990052b (englisch).
Petr Murray Rust, Henry S. Rzepa: Scientific Publications in XML – towards a global knowledge base. In: Data Science. Band1, 2002, ISSN1683-1470, S.84–98 (englisch).
↑R. Guha, M. T. Howard, G. R. Hutchison, Peter Murray-Rust, Henry Rzepa, Christoph Steinbeck, J. Wegner, E. L. Willighagen: The Blue Obelisk - Interoperability in Chemical Informatics. In: Journal of Chemical Information and Modeling. Vol. 46, Nr.3, 2006, S.991–998, doi:10.1021/ci050400b, PMID 16711717, PMC 4878861 (freier Volltext) – (englisch).