Nach dem Ende seiner Spielerkarriere arbeitete Henkes als Vereinstrainer im Amateurbereich. Stationen waren unter anderem die SG Horressen/Elgendorf, der Kreisoberligist SV 1911 Elz (2009–2010), die SG Hausen/Fussingen/Lahr (2010–2012) in der Verbands- und Gruppenliga sowie die SG Siershahn (2012). Der seit Januar 2014 als Trainer agierende Peter Henkes des A Kreisligisten VfR Niedertiefenbach[3] beendet sein Traineramt zur Saison 2016/17 und übernimmt die erste Mannschaft der SG Unterwesterwald aus Dreikirchen, Niedererbach, Nomborn und Görgeshausen in der Kreisliga B-Süd Westerwald/Wied.[4]
