Percy MacMahon war der Sohn eines Brigadegenerals und besuchte das Cheltenham College und von 1870 bis 1872 die Royal Military Academy in Woolwich. Ab 1873 war er als Artillerieoffizier in Indien, zuerst in Madras, dann in Lucknow und dann im Punjab an der Grenze zu Afghanistan in Kohat (1. Mountain Battery der Royal Artillery). 1877 wurde er allerdings krank und kehrte 1878 nach England zurück, was ihm die Teilnahme an den folgenden blutigen Konflikten in Afghanistan ersparte. Er war unter anderem in Dover stationiert, und ab 1880 besuchte er die Fortgeschrittenen-Klasse für Artillerieoffiziere in Woolwich. Nachdem er diese erfolgreich absolviert hatte, wurde er 1881 zum Hauptmann (Captain) befördert. Im folgenden Jahr wurde er Lehrer in Woolwich, wo er auch den Mathematikprofessor Alfred George Greenhill traf, unter dessen Einfluss er sich in die Beschäftigung mit der in England von Arthur Cayley, James Joseph Sylvester und George Salmon entwickelten Invariantentheorie stürzte und sowohl Cayley als auch Sylvester mit seiner Arbeit beeindruckte. 1888 wurde er Assistant Inspector des Arsenals in Woolwich. 1891 wurde er Dozent (Instructor) für Elektrizität[1] am Royal Artillery College in Woolwich, später zum Professor befördert. 1898 ging er beim Militär in den Ruhestand. Im Jahr zuvor erlitt er eine Enttäuschung, als ihm ein weit weniger befähigter Mathematiker (William Esson) als Nachfolger von Sylvester auf die Savilian-Professur für Geometrie in Oxford vorgezogen wurde.
MacMahon ist für seine Arbeiten in abzählender Kombinatorik bekannt, über die er das erste Lehrbuch schrieb. Er befasste sich neben Invariantentheorie mit symmetrischen Funktionen, Partitionen (er veröffentlichte Tabellen mit den Partitionen der Zahlen bis 200) und Lateinischen Quadraten.
MacMahon befasste sich auch mit Unterhaltungsmathematik und schrieb darüber Aufsätze und 1921 ein Buch. 1892 erhielt er mit Major J. Jocelyn ein Patent für Appliances to be used in playing a new class of games (Zu deutsch etwa: Gerätschaften für die Benutzung mit einer neuen Klasse von Spielen, UK Patent Nummer 3927). In diesem beschrieb er unter anderem ein Domino-artiges Spiel mit Dreiecken als Grundbausteinen, welches heute bekannt ist als MacMahon-Mosaik. Außerdem entwarf er ein Puzzle mit farbigen Würfeln, aus denen man einen größeren Würfel zusammensetzen sollte, welches als „Mayblox“ damals in London vermarktet wurde.
Percy MacMahon war ein Meister im Kopfrechnen und gewann regelmäßig gegen Srinivasa Ramanujan, als dieser in England war.[2] Hardy zieht MacMahon als Vergleich für Ramanujans Kopfrechenfähigkeiten an, wobei er hervorhebt, dass Ramanujan wie andere auch dabei vorging und MacMahon in der Regel ein bisschen schneller und akkurater war.[3] In der Verfilmung des Lebens von Ramanujan Die Poesie des Unendlichen wird MacMahon von Kevin McNally dargestellt.