Palacios liegt im bolivianischen Tiefland im Amazonasbecken, weite Strecken der Region sind noch mit tropischem Regenwald bedeckt, das Klima der Region ist das feuchtheiße Klima der inneren Tropen.
Die mittlere Jahrestemperatur der Region liegt bei 26,5 °C (siehe Klimadiagramm Puerto Rico/Bolivien), die Monatsdurchschnittstemperaturen schwanken nur unwesentlich zwischen 25 °C im Juni und Juli und über 27 °C von September bis Januar. Der Jahresniederschlag beträgt 1.800 mm, die Niederschlags-Höchstwerte liegen bei über 200 mm von Dezember bis März, und nur die kurze Trockenzeit von Juni bis August weist Monatsniederschläge von jeweils 30 mm auf.
Verkehrsnetz
Palacios liegt in einer Entfernung von 148 Straßenkilometern östlich von Cobija, der Hauptstadt des Departamentos.