Scholderer war der Sohn des Lehrers an der Musterschule, Johann Christoph Scholderer. Scholderer kam sofort nach Beendigung seiner Schulzeit 1849 an die Städelsche Kunstakademie und war dort bis 1851 u. a. Schüler des Kunsthistorikers Johann David Passavant und des Malers Jakob Becker. Anschließend ließ sich Scholderer als freischaffender Maler nieder. Aus dieser Zeit resultierte Scholderers Freundschaft mit Victor Müller, dessen Schwager er 1868 wurde.
Durch Müller lernte Scholderer die Werke von Gustave Courbet kennen und schätzen und Müller war es auch, der ihn zwischen 1857 und 1858 zu mehreren kurzen Studienreisen nach Paris überredete. In Paris schloss Scholderer Freundschaft mit Henri Fantin-Latour und Édouard Manet und wurde auch von ihnen beeinflusst. Fantin-Latour verewigte Scholderer auf seinem Bild Un atelier aux Batignolles (1870).
Zuerst ließ sich Scholderer in München nieder, wo er sich Wilhelm Leibl und dessen Kreis anschloss. Leibl kannte er ebenfalls noch aus seiner Pariser Zeit. Anfang 1871 ging Scholderer nach London und wirkte dort bis Herbst 1899. Ende 1899 kam Scholderer in seine Heimatstadt Frankfurt am Main zurück.
Dort starb er im Alter von nahezu 68 Jahren am 22. Januar 1902. Otto Scholderers hauptsächliches künstlerisches Werk besteht aus Porträts und Stillleben, wobei sein Frühwerk noch von landschaftlichen Impressionen dominiert wird. Gerade heute sieht man Scholderer als wichtige Verbindung zwischen der Romantik und dem Impressionismus.
Jutta M. Bagdahn: Otto Franz Scholderer: 1834–1902. Monographie und Werkverzeichnis. Wissenschaftlicher Verlag Berlin, Berlin 2020, ISBN 9783961382354.
↑Otto Scholderer 1834–1902. Die neue Wirklichkeit des Malerischen. Zum 100. Todestag. Haus Giersch, Museum Regionaler Kunst, 7. April bis 4. August 2002, Frankfurt am Main 2002, S. 65