Sein Wappen zeigt einen Schrägrechtsbalken, dem Stammwappen der Herren von Auhausen an der Wörnitz im Nördlinger Ries, auf dem Helm ein Pfau. Später legten sich die einzelnen Äste und Zweige der Lobdeburger verschiedene Wappen bei.
Otto als Bischof
Die Verdienste Bischof Ottos I. für das Bistum Würzburg lagen in seinem Engagement in der wechselhaften Reichspolitik. Sein repräsentatives Auftreten als Reichsfürst und Fürstbischof führte zu einem Defizit im Finanzhaushalt des Bistums und zum endgültigen Verlust der GrundherrschaftLambach und deren Einkünfte an den Herzog von Österreich.
Otto IV. und Papst Innozenz III. reichen sich die Hände (aus Heidelberg, Cod. Pal. germ. 19–23, um 1450)
Seit Beginn seiner Amtszeit 1207 war Otto I. von Lobdeburg im Auftrag des Papstes Innozenz III. in kirchenpolitischen Angelegenheiten unterwegs. Er war als dessen Gesandter am kaiserlichen Hof damit beauftragt, gegen den Bischof in BremenWaldemar Beschwerde einzulegen. 1209 war es seine Aufgabe, dafür Sorge zu tragen, dass Eckbert von Andechs-Meranien wieder in sein Amt als Bischof im Erzbistum Bamberg eingesetzt wird, da Eckbert eine Mitschuld an der Ermordung des Philipp von Schwaben am 21. Juni 1208 nachgesagt wurde.
Am 24. Mai 1209 zog der Anwärter auf die Kaiserkrone Otto IV., in das festlich geschmückte Würzburg ein, wo eine größere Versammlung von Reichsfürsten abgehalten wurde, welche die Vorbereitungen der Fahrt nach Rom und der Krönung zum Kaiser zum Inhalt hatte. Am 18. November 1210 wurde Kaiser Otto IV. vom Papst Innozenz III. exkommuniziert. Gegenkönig war der StauferFriedrich II. Wie der Erzbischof von Köln, blieb Otto I., Bischof von Würzburg, auf der Seite des Kaisers Otto IV. Dadurch entstanden in Köln und Würzburg schwere Unruhen. In Würzburg brachten die Ministerialen der Ravensburger den Kanoniker Heinrich III. von Ravensburg als Kandidaten gegen den Bischof ins Spiel. Die Ravensburger hatten bereits Konrad von Querfurt ermordet, ohne an kirchenpolitischen Einfluss zu verlieren. Nun bezogen sie wieder deutlich Stellung gegen die Lobdeburger. Obwohl Heinrich von Ravensburg durch das Bistum Mainz Zuspruch erfuhr, behauptete sich der zwischenzeitlich aus Würzburg vertriebene Otto I. von Lobdeburg und besiegte die Ravensburger.
1212 wechselte Bischof Otto I. von Lobdeburg die Fronten von den Welfen zu den Staufern. Er unterstützte nun den GegenkönigFriedrich II. (HRR) und zog für ihn im Gefolge einer Heeresgruppe 1213 und 1217 nach Thüringen ins Feld gegen Otto IV. Damit hatte er das Vertrauen von Friedrich II. gewonnen und wurde der religiöse Betreuer von dessen Sohn Heinrich (VII.) (HRR) während dessen Aufenthalt in Italien.
Wo er bestattet wurde, ist nicht überliefert; sein rechter Arm wurde in das Kloster Auhausen gebracht, einer Stiftung der Herren von Auhausen im Nördlinger Ries, der Vorfahrensfamilie derer von Lobdeburg.
Wissenschaftliche Vereinigung für den Deutschen Orden e. V. und Historische Deutschorden-Compaigne zu Mergentheim 1760 e.V. (Hrsg.): 1300 Jahre Würzburg – Zeichen der Geschichte, Bilder und Siegel der Bischöfe von Würzburg. Heft 23. Lauda-Königshofen 2004, S. 21