Im Juli 1997 besuchte Südafrikas Präsident Nelson MandelaIndonesien und traf sowohl mit Präsident Suharto, als auch mit dem im Gefängnis sitzenden Führer der osttimoresischen Unabhängigkeitsbewegung Xanana Gusmão zusammen. Mandela drängte in einer schriftlichen Erklärung auf die Freilassung aller osttimoresischen, politischen Führer. „Wir können die Situation in Osttimor niemals normalisieren, wenn nicht alle politischen Führer, inklusive Herrn Gusmão, freigelassen sind. Sie sind es, die eine Lösung bringen müssen.“ Die indonesische Regierung lehnte die Forderung ab, verkündete aber, dass die Haftstrafe Gusmãos, die insgesamt 20 Jahre betrug, um drei Monate gekürzt werde.
Vom 28. Oktober 2010 bis 2014 war Marina Ribeiro Alkatiri, Osttimors Botschafterin in Mosambik, auch für Südafrika akkreditiert.[3] Ihren Sitz hatte sie in Maputo.[4] Inzwischen hat Osttimor in Pretoria eine eigene Botschaft eröffnet. Ein Botschafter ist bisher noch nicht entsendet. Die Geschäfte führt Erste Sekretärin und Geschäftsbeauftragte Josefina Tilman.[5]
Laut dem Statistischen Amt Osttimors exportierte Südafrika 2018 Handelsgüter im Wert von 320.000 US-Dollar (2016: 568.000 US-Dollar). Fahrzeugteile und -zubehör machten dabei einen Anteil von 129.000 US-Dollar aus. Es lag damit auf Platz 33 der Rangliste der Importeure Osttimors (2016: 25). Aus Osttimor nach Südafrika gingen laut Statistik 2018 keine Waren.[7][8]
