Das Unternehmen wurde am 1. März 2000 zwischen Nintendo und der Werbefirma Dentsu gegründet.[1] Hauptanteilseigner waren bis 2010 Nintendo mit 18 %, sowie Dentsu mit 8,7 %. Im Jahre 2010 entschied sich Nintendo, 98 % der Anteile zu kaufen.[2] Die Buchstaben N und D im Namen stellen sich aus den Anfangsbuchstaben der Gründerfirmen Nintendo und Dentsu zusammen.
Im April 2006 wechselten viele Mitarbeiter das Unternehmen, zu beispielsweise Nintendo und Square Enix.[3]NDcube wird von Hidetoshi Endō geleitet, der einst Präsident von Hudson Soft war.
Nachdem Hudson Soft, welche bis einschließlich Mario Party 8 alle Spiele der Mario-Party-Reihe entwickelten, von Konami übernommen wurde, übernahm NDcube die Entwicklung der Serie. Nachdem diese Mario Party 9, Mario Party 10, Mario Party: Island Tour, Mario Party: Star Rush und Mario Party: The Top 100 veröffentlicht haben, baute sich bei einigen Spielern der Reihe eine kritische Einstellung gegenüber NDcube auf. Grund hierfür waren eklatante Veränderungen der Spielmechanik gegenüber der Spiele von Hudson Soft, welche bei den Fans umstritten waren. Auch in der Presse sammelte NDcube hierfür gemischte Rezensionen.[7] Die Mario-Party-Spiele ab Super Mario Party, orientieren sich nun eher an den klassischen Spielen.[8]
