Der Navajo Creek entspringt etwas nördlich der Arizona State Route 98 zwischen Kaibito und Shonto im Binne Etteni Canyon. Nur wenig später, an der Einmündung des Nitsin Canyon, passiert er das Pueblo Inscription House, das zum Navajo National Monument gehört. Er durchquert nun einen meist breiten Canyon in nördlicher Richtung bis zur Mündung des Far End Canyon, wo er einen Bogen in westliche Richtung macht. Der Canyon, der ab hier Navajo Canyon heißt, wird nun immer enger und bleibt eng bis zu seiner Mündung in den Lake Powell östlich von Page. Der wichtigste Nebenfluss ist der Kaibito Creek, der kurz vor der Mündung von links auf den Navajo Creek trifft.
↑ ab Herbert Ernest Gregory: Geology of the Navajo Country: A Reconnaissance of Parts of Arizona, New Mexico and Utah. U.S. Government Printing Office, 1917, S.161 (Navajo Creek auf S. 12 in der Google-Buchsuche).