Das Museo de Historia Natural (UNMSM) ist ein Naturkundemuseum in Lima, der Hauptstadt Perus. Es befindet sich an der Av. Arenales 1256.
Das Museum widmet sich der Ökologie und Geologie des Landes. Gegründet wurde es 1918 von der Fakultät der Wissenschaften der Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Erster Direktor war Carlos Rospigliosi.
Seit 1937 wird das Boletín del Museo de Historia Natural herausgegeben, seit 1948 erscheinen die Publicaciones del Museo Publicaciones del Museo, seit 1951 erscheinen die Memorias del Museo und seit 1964 wird die Serie de Divulgación veröffentlicht.