Im Jahr 1986 wurde er Mitglied eines Trios mit Daunik Lazro am Baritonsaxophon und Lê Quan Ninh als Schlagzeuger und nahm erste Alben unter eigenem Namen auf. Ende der 1980er Jahre arbeitete er auch im Trio mit Alain Joule und Barre Phillips sowie mit Dominique Regef und Elvin Jones sowie in unterschiedlichen Formationen mit Beñat Achiary. Im Jahr 1993 reiste er in den Gabun, wo er die dortige afrikanische Musik erforschte; nach seiner Rückkehr spielte er u. a. mit Elliott Sharp und Jin Hi Kim. 1994 nahm er ein Album für das damalige Freejazz-Label FMP auf, Open Paper Tree. 1998 entstand das Soloalbum Anatomie Des Clefs. Im Jahr 2007 spielte er in Paris gemeinsam mit dem Tenorsaxophonisten Mats Gustafsson und der Gruppe Sonic Youth. Er arbeitet häufig im Trio John Russell und Roger Turner.
Doneda spielt ausschließlich Sopransaxophon und Sopraninosaxophon.
