Geboren als Sohn des Müllers Konrad Helding und seiner Ehefrau Barbara geb. Kneb (Knab), immatrikulierte er sich im Herbst 1525 an der Universität Tübingen. Schon Pfingsten 1527 wurde er zum Baccalaureus und Weihnachten 1528 zum Magister promoviert. Sodann ging er als Lehrer nach Mainz und übernahm 1531, auf Empfehlung des DomdekansJohannes von Ehrenberg, das Rektorat der Domschule. Hier kam er eng mit dem Humanismus in Berührung, dem er zeitlebens verbunden blieb. Zum Priester geweiht holte ihn Ehrenberg 1533 als Hilfsprediger an den Mainzer Dom, 1536–1550 wirkte er dort als Dompfarrer.[1]
Am 7. Mai 1558 wurde Michael Helding Kammerrichter und schließlich Präsident des Reichskammergerichtes in Speyer. In Merseburg setzte er deshalb einen Verwaltungsrat ein und lebte nun abwechselnd in Speyer und Wien. 1561 ernannte ihn Kaiser Ferdinand I. dort zum Vorsitzenden des Reichshofrates. Hier starb er im September des gleichen Jahres und fand im Stephansdom seine letzte Ruhestätte.
Helding gilt als einer der bedeutendsten Vertreter des Reformkatholizismus seiner Zeit, der mittels Wort und Schrift versuchte, die Einheit des Glaubens zu bewahren und aktiv an der notwendigen Umgestaltung der katholischen Kirche mitzuarbeiten. Er blieb seinem Glauben treu und galt dennoch als reformfreudig und tolerant Andersgläubigen gegenüber.