Zuletzt wurde General McPeak am 30. Oktober 1990 Chief of Staff of the Air Force und war als solcher bis zu seinem Eintritt in den Ruhestand am 25. Oktober 1994 ranghöchster Offizier der US Air Force. Zugleich war er vom 14. Juli bis zum 5. August 1993 amtierender Secretary of the Air Force und somit Luftwaffenstaatssekretär unter PräsidentBill Clinton. Am 1. Oktober 1993 erfolgte eine weitere Umbenennung der 1st Special Operations Wing, ausgelöst durch die Direktive von General McPeak, die vorsah, dass zwei aktive Einheiten nicht die gleiche Nummer tragen dürfen. Die USAF beschloss die Umbenennung in 16th Special Operations Wing, da dem „konkurrierenden“ 1st Fighter Wing eine höhere Gewichtung bei der Fortführung seiner Namenstradition zugestanden wurde.
Nach seinem Ausscheiden aus dem Militärdienst wechselte er in die Privatwirtschaft und wurde nicht nur Präsident von McPeak & Associates, sondern war von 1995 bis 2006 Mitglied des Board of Directors von Tektronix. Seit 2005 ist er Mitglied des Board of Directors der Health Sciences Group Inc. Daneben war er zeitweise Mitglied des Board of Directors von ECC International, von Centerspan Communications, Inc. sowie von Trans World Airlines (TWA).
