Die Medizinische Universität Kaunas setzte die Tradition der Medizinischen Fakultät der 1922 gegründeten Universität Litauens fort. Nach Schließung bzw. Zerschlagung dieser Universität bestand die medizinische Einrichtung von 1950 bis 1998 als selbständiges Medizinisches Institut Kaunas. Ab 1989 hieß die Einrichtung Medizinische Akademie, 1998 erfolgte die Umbenennung zur Medizinischen Universität. Zum bedeutenden Teil der Universität gehören die Universitätskliniken Kaunas.
