Bis 1848 war er mit kurzen Unterbrechungen in Wien tätig, wo er als Porträtmaler (insbesondere von aquarelliertenMiniaturen) und Maler von detaillierten Innenansichten von Schlössern und Kirchen gefragt war. Vor allem Mitglieder des Adels bis hin zur kaiserlichen Familie (einschließlich Kaiser Ferdinand I.) gehörten zu seinen Auftraggebern. Auch in der Genremalerei war er erfolgreich, hier bevorzugte er Szenen aus der Literatur, etwa aus Werken Lenaus, Uhlands oder Zedlitz’.
Als Lithograf veröffentlichte er u. a. Gruppenporträts wie einen Porträtzyklus lebender österreichischer Dichter auf einem Blatt (1841), die Porträts der „Tiroler Helden von 1809“ (1844) und ein Blatt mit 48 Porträts der Mitglieder des „Landtags in Preßburg“.
Im Revolutionsjahr 1848 zog sich Kern mangels adliger Aufträge von Wien in sein Heimatdorf Riedhausen zurück, später ins nahe Königseggwald und in die Schweiz, wo er Fresken für Kirchen malte, um seine in Wien zurückgebliebene Familie ernähren zu können. 1851 kehrte er krank nach Wien zurück und stellte wieder bei den Ausstellungen der Akademie aus, 1852 starb er in Wien.
Paul Beck: Schwäbische Biographien. 16. Matthäus Kern, Maler aus Riedhausen, in: Diöcesanarchiv von Schwaben, 16. Jg. 1898, Heft 4, S. 49–52 (Digitalisat)
Heribert Hutter: Mattheus Kern und ein Legat seiner Werke an die Akademie der Bildenden Künste, in: Alte und Moderne Kunst, XII (1967 / Heft 93), Seite 24–27. (MAK Bibliothek Digital)