Jeweils als Professor für Philosophie lehrte er von 1992 bis 1995 an der Universität Hamburg und von 1995 bis 2004 an der Justus-Liebig-Universität Gießen. 2004 übernahm er eine Professur für Philosophie an der Universität Frankfurt. Seel ist seit 2007 Principal Investigator, also Gründungsmitglied des Exzellenzclusters „Die Herausbildung normativer Ordnungen“ („Normative Orders“) der Goethe-Universität.
Martin Seel veröffentlichte zur Ästhetik – insbesondere zur Ästhetik des Films –, zur praktischen sowie zur theoretischen Philosophie. Von 1998 bis 2001 schrieb er eine Kolumne in der Wochenzeitung Die Zeit, in der er sich mit aktuellen Zeitströmungen und Debatten in und außerhalb der Philosophie auseinandersetzte. Eine Auswahl dieser leicht zugänglichen Texte wurde 2001 unter dem Titel Vom Handwerk der Philosophie veröffentlicht. Günter Figal sprach dem Werk sprachlichen Schliff zu, sah diese Traktate jedoch eher als Spiel oder Spielerei, dies allerdings durchaus im positiven Sinne.[3] Nach Eva Weber-Guskar hält sich Seels journalistisches Philosophieren, dessen „eleganten“ Stil sie lobt, eher an „der Oberfläche der Thesen“, die er vertritt: „Dialektische Schärfe steht hier nicht im Vordergrund.“ Seels Ideen seien zwar „der Sache nach zumeist weder besonders neu noch besonders aufregend begründet“; doch Leser könnten „sich diese Ideen von Seel gut in geschmeidigen Sätzen vorführen lassen, entlang von Ausschnitten aus philosophischen Theorien, aus deren Fundus er großzügig schöpft.“[4]
Werke
Die Kunst der Entzweiung. Zum Begriff der ästhetischen Rationalität. Suhrkamp, Frankfurt am Main 1985.
Eine Ästhetik der Natur. Suhrkamp, Frankfurt am Main 1991.
Versuch über die Form des Glücks. Studien zur Ethik. Suhrkamp, Frankfurt am Main 1995.
Ethisch-ästhetische Studien. Suhrkamp, Frankfurt am Main 1996.
Martina Koch: Die Konstellation der Rationalitäten im interrationalen Bildungsprozess: J. Habermas, D. Kamper und M. Seel im fiktiven Gespräch über eine Bildinterpretation von K. Mollenhauer (= Studien zur Philosophie und Theorie der Bildung, Band 21), Deutscher Studien Verlag, Weinheim 1992, ISBN 3-89271-373-1 (Dissertation Uni Hamburg 1992).