Merchán Ladino war zunächst als Kaplan des Hogar Cándido Quintero in Duitama (1996–1997) und als Pfarrvikar der PfarreiNuestra Señora de Chiquinquirá in Sogamoso (1997) tätig, bevor er Kaplan und Lehrer am Instituto Integrado Guillermo León Valencia in Duitama sowie Verantwortlicher für die Familienpastoral im Bistum Duitama-Sogamoso wurde.[1] 2001 wurde Marco Antonio Merchán Ladino für weiterführende Studien nach Rom entsandt, wo er an der Päpstlichen Lateranuniversität ein Lizenziat im Fach Kanonisches Recht erwarb[1] und 2005 bei Manuel Jesús Arroba Conde mit der Arbeit El valor de prueba de las declaraciones judiciales de las partes en las causas de nulidad por temor en la jurisprudencia reciente („Die Beweiskraft von gerichtlichen Erklärungen der Parteien in auf Furcht basierenden Nichtigkeitsverfahren in der jüngeren Rechtsprechung“) in dieser Disziplin promoviert.[2] Nach der Rückkehr in seine Heimat wurde er Offizial des Bistums Duitama-Sogamoso und Pfarrer der Pfarrei Nuestra Señora del Rosario in Sogamoso. Von 2008 bis 2011 wirkte er als Pfarrer der KonkathedraleSan Martín de Tours in Sogamoso. Ab 2011 fungierte Merchán Ladino als Generalvikar des Bistums Duitama-Sogamoso und als Pfarrer der Kathedrale San Lorenzo in Duitama.[1] Außerdem gehörte er dem Priesterrat, dem Konsultorenkollegium und dem Diözesanvermögensverwaltungsrat an.[3]
El valor de prueba de las declaraciones judiciales de las partes en las causas de nulidad por temor en la jurisprudencia reciente. Pontificia Università Lateranense, Rom 2005, OCLC64679532.