Vor seiner Zeit als Profi spielte Marcel Rapp bei den Junioren des Karlsruher SC, beim VfR Pforzheim und bei seinem Heimatverein, dem 1. FC Ersingen. Rapp bestritt beim KSC insgesamt acht Partien in der 2. Bundesliga, ein weiterer Zweitligaeinsatz kam im Jahr 2000 für Rot-Weiß Oberhausen hinzu. In den folgenden Jahren spielte er u. a. für den FC Carl Zeiss Jena und den SC Pfullendorf in der Regionalliga Süd. Dort kam Rapp insgesamt zu 242 Einsätzen und erzielte vierzehn Tore.
Marcel Rapp als Spieler der Stuttgarter Kickers
In der Saison 2007/08 spielte er in der Regionalliga Süd für die Stuttgarter Kickers und qualifizierte sich mit der Mannschaft für die neugegründete 3. Profiliga. In der darauffolgenden Saison stieg Rapp mit den Stuttgarter Kickers in die Regionalliga Süd ab. Seit dem Sommer 2009 war er Kapitän der Kickers-Mannschaft, verließ aber am Ende der Saison 2010/11 den Verein und schloss sich in der folgenden Spielzeit dem FC Nöttingen in der Oberliga Baden-Württemberg an. In der Saison 2012/13 fungierte Rapp nicht nur als Spieler, sondern auch als Co-Trainer des FCN.
Im März 2019 schloss Rapp erfolgreich die Ausbildung zum Fußballlehrer ab.[3]
Am 9. Juni 2020 übernahm Rapp gemeinsam mit dem bisherigen Co-Trainer Matthias Kaltenbach und dem U16-Trainer Kai Herdling die Bundesligamannschaft von Alfred Schreuder, die zu diesem Zeitpunkt nach dem 30. Spieltag der Saison 2019/20 mit 43 Punkten auf dem 7. Platz stand. Der Verein bezeichnete die Übergangsregelung als „Teamlösung“.[4] Rapp war zwar der Einzige, der über die Fußballlehrer-Lizenz verfügt, offizieller Cheftrainer war allerdings Kaltenbach.[5] Das Trainerteam gewann 3 der letzten 4 Spiele und schloss die Saison auf dem 6. Platz ab, womit man sich direkt für die Europa League qualifizierte. Zur Saison 2020/21 kehrte Rapp zur U19 zurück. Die Spielzeit wurde aufgrund der COVID-19-Pandemie ab November 2020 nicht mehr fortgeführt. Somit umfasste die Saison lediglich 4 Spiele.
Anfang Oktober 2021 übernahm Rapp den ZweitligistenHolstein Kiel als Nachfolger des Interimstrainers Dirk Bremser, der die Mannschaft nach dem Rücktritt von Ole Werner für 2 Spiele betreut hatte. Er unterschrieb einen Vertrag bis zum 30. Juni 2024.[6] Zum Zeitpunkt seiner Übernahme stand Holstein Kiel nach dem 9. Spieltag der Saison 2021/22 nach 2 Siegen, 2 Unentschieden und 5 Niederlagen mit 8 Punkten auf dem 15. Platz. Zum Saisonende reichte es zum neunten Tabellenplatz, dem am Ende der folgenden Spielzeit der achte Tabellenrang folgte. In der Saison 2023/24 erreichte Rapp mit dem Verein zum zweiten Mal in der Vereinsgeschichte die Zweitliga-Herbstmeisterschaft.[7] Am Ende der Saison erreichte er mit seiner Mannschaft den 2. Tabellenplatz und somit den ersten Bundesligaaufstieg in der Vereinsgeschichte von Holstein Kiel. Sein Vertrag mit Kiel wurde bereits im Oktober 2023 um zwei weitere Jahre verlängert.[8]
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