Seine Karriere startete Manuel Pauli mit kleinen Aufträgen für Einfamilien- und Ferienhäuser im Tessin. Nebenbei arbeitete er als Assistent für Professor Hess und später Professor Albert Heinrich Steiner an der Eidgenössischen Technischen Hochschule. 1957 gründete er mit August Volland ein kleines Atelier. Sie beteiligten sich erfolgreich an verschiedenen Wettbewerben, in einigen Fällen gemeinsam mit dem Büro Guyer.
1959 heiratete Manuel Pauli die ungarische Künstlerin Eva Barna. Im Laufe der Jahre entwickelten sie zusammen viele Werke. Während seiner Zeit in Zürich realisierte Manuel Pauli einige wichtige Bauten wie beispielsweise die Rathausbrücke, den Umbau und die Renovation der Grossmünsterkapelle und Helferei Zürich oder die Siedlung Salzweg. Immer war er auch aktiv in der Zürcher Arbeitsgruppe für Städtebau, mit der er sich für die Gestaltung der Stadträume und gegen deren Bedrohung durch den Autoverkehr einsetzte. Stets war Manuel Pauli für ein von Toleranz geprägtes Zusammenleben der unterschiedlichen Gruppen im städtischen Raum. Er setzte sich für Stadtstrukturen ein, welche das menschliche Mass und Erfassungsvermögen nicht sprengten. 1983 entschloss sich Manuel Pauli, die Berufung als Stadtarchitekt von Luzern anzunehmen. Dabei versuchte er Architektur ins öffentliche Gespräch zu bringen und einen engagierten Diskurs aufrechtzuerhalten. Er veranstaltete viele Wettbewerbe und war beteiligt an der Auszeichnung guter Bauten der Stadt und des Kantons Luzern.
↑Hannes Inneichen: Manuel Pauli: Bauten und Projekte 1956-1983, Stadtarchitekt von Luzern 1983-1995 Monografie Schweizer Architektinnen und Architekten, Luzern 2001.