Am 16. September 1912 bestellte ihn Papst Pius X. zum Bischof von Fortaleza. Manoel da Silva Gomes wurde am 10. November 1915 infolge der Erhebung des Bistums Fortaleza zum Erzbistum erster Erzbischof von Fortaleza.
Papst Pius XII. nahm am 24. Mai 1941 das von Manoel da Silva Gomes vorgebrachte Rücktrittsgesuch an und ernannte ihn zum Titularerzbischof von Viminacium.