1990 kandidierte Ruge erstmals erfolgreich für das Amt des Erfurter Oberbürgermeisters, in das er danach zwei Mal wiedergewählt wurde. Er setzte sich insbesondere für den Ausbau des Industriestandorts Erfurt und für die Sanierung der Altstadt ein. Dafür wurde die Stadt Erfurt bereits zweimal mit Preisen der Deutschen Stiftung Denkmalschutz ausgezeichnet.
Nach heftigen parteiinternen Auseinandersetzungen kündigte Ruge an, bei der Wahl im Mai 2006 nicht erneut anzutreten. Sein Nachfolger wurde Andreas Bausewein von der SPD. Manfred Ruge wechselte in eine von ihm selbst neu geschaffene Stelle als 3. Geschäftsführer zu den Erfurter Stadtwerken, was zu heftiger Kritik an seiner Person („Selbstbedienung im Amt“) führte. Nach weiteren Protesten wurde diese Stelle wieder abgeschafft.
Ruge war Chef von fünf Tochtergesellschaften des Konzerns. Unter anderem war er Geschäftsführer der TFB Thüringer Freizeit und Bäder GmbH. In dieser Funktion war er 2006 für die Schließung des Erfurter Nordbades und 2008 für den Abbruch des denkmalgeschützten Eingangsgebäudes mitverantwortlich. Am 24. Juni 2010 erfolgte die Wiedereröffnung der komplett neugebauten Anlage.
Manfred Ruge war Mitglied im Präsidium des Deutschen Städtetags und Vizepräsident des Weltbundes der Partnerstädte.
2017 wurde Ruge vom Stadtrat unter Leitung seines Amtsnachfolgers Andreas Bausewein zum Ehrenbürger Erfurts ernannt.[1]
Manfred O. Ruge, Werner Wesch, Werner Schölling, Bernd Heimbürger, Peter Waldschmidt, Peter Ostertag: Erinnerungen an die Schulzeit 1960/61 bis 1964/65 oder Eine erfüllte Oberschulzeit durch Musik „Die Dominos“. In: Tom Fleischhauer (Hrsg.): Heinrich-Mann-Gymnasium Erfurt. Staatliches Gymnasium „Zur Himmelspforte“. Eine Festschrift zum 175. Jubiläum mit Schulgeschichte(n) aus drei Jahrhunderten. Erfurt 2019, S. 271–273.
