Sein Unterlauf ist der einzige unverbaute Teil im Mittellauf des Colorado-Flusssystems und der letzte Lebensraum des Fisches Gila cypha aus der Familie der Karpfenfische, einer der am meisten vom Aussterben bedrohten Tierarten der Vereinigten Staaten.
Weitere Namen sind Río Colorado Chiquito auf Spanisch, Paayu in der Hopi-Sprache und Tółchíʼíkooh in Navajo.
Der Fluss entsteht auf 2548 m in den White Mountains beim Zusammenfluss von West Fork Colorado River von links und East Fork Colorado River von rechts im Apache National Forest bei Greer im Coconino County. Gleich darauf wird der Fluss zum Stausee River Reservoir gestaut. Er fließt kurz nach Nordwesten, danach nach Nordosten bis Springerville. Hier mündet von rechts der Nutrioso Creek, bevor er nun meist nach Nordnordwest fließt, während in wenigen Kilometern Abstand der US 189 folgt.
Der Little Colorado River wird 16 km südlich St. Johns zum Lyman Lake gestaut. Er erreicht nach dem Stausee St. Johns und unterquert den US 191, bevor er ins Hunt Valley eintritt. Er unterquert den US 180 zweimal, ehe er Holbrook erreicht.
