Die Ligat ha’Al 1999/2000 war die erste Spielzeit der höchsten israelischenFußballliga unter diesem Namen, und die 51. Saison insgesamt. Sie begann am 14. August 1999 und endete am 27. Mai 2000.
Die 14 Mannschaften traten in drei Runden gegeneinander an, sodass für jedes Team 39 Spiele zu absolvieren waren. Die Teams, die nach 26 Spielen die ersten sieben Plätze belegten, hatten ein Heimspiel mehr als die Teams auf den unteren sieben Plätzen. Die letzten drei Vereine stiegen ab.