Nach dem Tod Hauswirths wurde Rost 1901 zum Abt des Schottenstiftes gewählt. Als solcher veranlasste er den Neubau der Pfarrkirche von Enzersfeld und die Renovierung der Kirchen von Gaunersdorf, Stammersdorf und St. Ulrich. Im Stift selbst agierte er als Förderer der Künste und Wissenschaften. Er vermehrte die Gemäldesammlung des Klosters und unterstützte die Herausgabe der Kataloge der Inkunabeln und der Sammlung römischer Münzen des Stiftes durch Albert Hübl. Außerhalb des eigentlichen klösterlichen Geschehens war er an den Vorbereitungen zum 23. Eucharistischen Weltkongress, der 1912 in Wien stattfand, beteiligt.
Rosts Verdienste wurden durch zahlreiche Auszeichnungen und Ehrungen gewürdigt. Rost war unter anderem Ehrenbürger zahlreicher Gemeinden und Kaiserlicher Rat, zudem Komtur mit dem Stern des Franz-Joseph-Ordens.
