Es besteht seit 1881 und wurde 2005 dem Justizministerium der Russischen Föderation unterstellt. In der Sowjetunion war das Gefängnis als Folterstätte des KGB und seiner Vorgänger berüchtigt. Michail Woslenski, Dolmetscher bei den Nürnberger Prozessen und Historiker, beschreibt in seinem Buch Das Geheime wird offenbar. Moskauer Archive erzählen. 1917–1991, dass es im Lefortowo-Gefängnis einen überdimensionierten Fleischwolf gab, mit dem die Leichen der Opfer zu Brei zerstoßen und anschließend im städtischen Abwassersystem entsorgt wurden.[1][2] Heute dient es nur noch als Untersuchungsgefängnis.
