Skubiszewski war Ehrendoktor an mehreren Universitäten, Träger der höchsten polnischen und internationalen Auszeichnungen, darunter des Bundesverdienstkreuzes und des Orden des Weißen Adlers. Die Amerikanische Gesellschaft für internationales Recht ernannte ihn 1991 zu ihrem Ehrenmitglied. Zusammen mit Hans-Dietrich Genscher bekam er den Preis der Außenminister Polens und Deutschlands, der 1993 ins Leben gerufen wurde. 2006 wurde ihm in Weimar gemeinsam mit seinen beiden Mitgründern des Weimarer Dreiecks, den früheren Außenministern Hans-Dietrich Genscher und Roland Dumas (Frankreich) der vom Komitee zur Förderung der deutsch-französisch-polnischen Zusammenarbeit erstmals verliehene Adam-Mickiewicz-Preis verliehen.
