Wernicke spezialisierte sich auf griechische Vasenmalerei und antike Mythologie und verfasste neben diversen Programmschriften und Aufsätzen zahlreiche Artikel für die Neubearbeitung von Paulys Realencyclopädie der classischen Altertumswissenschaft (1893–1980), darunter auch sehr umfangreiche zu Apollon und Artemis. Sein bekanntestes Werk war die Neubearbeitung (3. Auflage) der Sammlung Antike Denkmäler zur griechischen Götterlehre von Karl Otfried Müller und Friedrich Wieseler, die 1899 erschien. Nach seinem Tod wurde das Werk von Botho Graef fortgeführt.
Schriften (Auswahl)
De Pausaniae periegetae studiis herodoteis. Weidmann, Berlin 1884 (Digitalisat).
Die griechischen Vasen mit Lieblingsnamen. Eine archäologische Studie. Reimer, Berlin 1890 (Digitalisat).
Carl Wernicke: Leitfaden für die biographische Vorstufe des Geschichtsunterrichts. Besorgt von Konrad Wernicke. 12., unveränderte Auflage. Pierer, Altenburg 1892 (Digitalisat).
Olympische Beiträge I–V. In: Jahrbuch des Kaiserlich Deutschen Archäologischen Instituts. Band 9, 1894, S. 88–204.