Im ersten Drittel des 13. Jahrhunderts sammelten sich an verschiedenen Orten des erweiterten Bodenseegebietes geistliche Frauengemeinschaften, so in Seefelden (1227), Mengen (1231) und dann bald noch 1231 in Boos bei Saulgau. Unterstützung bei ihrer Klostergründung erhielten die sich in Boos zusammenfindenden Frauen vom Salemer ZisterzienserabtEberhard von Rohrdorf: Graf Gottfried von Sigmaringen bestätigte im Jahr 1231 den Kauf etlicher Güter der Klosterfrauen zu Boos von Albrecht von Büttelschieß. Wohl ebenfalls auf Abt Eberhards Betreiben bestätigte im Jahr 1236 Papst Gregor IX. die Gründung der jungen Gemeinschaft als Zisterzienserinnenkloster Boos. Wegen der geringen Akzeptanz des neuen Klosters beim örtlichen Adel erwarb der Reichsprokurator für Schwaben, Schenk Konrad von Winterstetten, von den Grafen Bertold und Konrad von Heiligenberg den Weiler Baindt mit dem Patronatsrecht der örtlichen Pfarrkirche als Platz für das wenige Jahre zuvor in Boos errichtete Zisterzienserinnenkloster. Noch im selben Jahr siedelte die zisterziensische Schwesterngemeinschaft nach Baindt in den „Hortus floridus“, den „blühenden Garten“ über. Kaiser Friedrich II. gewährte der Abtei noch 1240 und erneut 1241 den Schutz des Reiches. Hiermit war eine Entwicklung eröffnet, die für die Nonnenabtei Baindt anno 1376 im Status einer Reichsabtei mündete. In geistlichen Belangen fungierten die Äbte von Salem als Abtweiser. 1521 wird das Kloster Baindt erstmals in der Reichsmatrikel erwähnt, womit die Entwicklung zur reichsunmittelbaren Abtei mit späterem Sitz auf der Schwäbischen Prälatenbank des Reichstages abgeschlossen war. Dennoch konnte das Kloster kein nennenswertes Herrschaftsgebiet erwerben.
Im Bauernkrieg 1525 wurde das Kloster niedergebrannt. Auch nach der nochmaligen Zerstörung im Dreißigjährigen Krieg wurde 1649 das Ordensleben wieder aufgenommen. 1764 bis 1766 erfolgte die Barockisierung der Klosterkirche. 1802 wurde die Reichsabtei im Zuge der Säkularisation aufhoben und ging 1803 in den Besitz des Grafen von Aspremont-Lynden über.
Die Abteikirche Unserer Lieben Frau wurde 1817 Pfarrkirche. 1841 begann der Abbruch der Konventanlage, 1842 wurden die Gebeine der Klosterstifter in die Pfarrkirche übertragen. Bilder aus einem Zyklus der Wundertaten Christi des von einem unbekannten Meisters um 1460 gestalteten Baindter Altars finden sich heute in verschiedenen Museen, beispielsweise in der Staatsgalerie Stuttgart, in der Alten Pinakothek in München oder im Kunsthaus Zürich. 1903 kauften HeiligenbronnerFranziskanerinnen das ehemalige Gästehaus des Klosters. 1988 bis 1989 wurde die ehemalige Abteikirche umfassend restauriert.
Liste der Äbtissinnen
vor 1232 Tudecka I.
1232–1244 Anna von Frankenhofen
1244–1275 Adelheid I. von Zusdorf
1275–1279 Tudecka II.
1279–1298 Guta I. von Gundelfingen
1298–1302 Berta Seuffl
1302–1304 Elisabeth I. Neyffron
1304–1307 Guta II.
1307–1310 Mathilda
1310–1312 Mecthilda
1313–1315 Anna II. von Königsegg
1315–1322 Engeltrudis I. von Gommeringen
1322–1329 Elisabeth II. Schenkin
1329–1330 Katharina, Gräfin von Werdenberg
1330–1337 Anna III. von Humerstried
1337–1342 Elisabeth III. Grosst
1342–1345 Adelheid II. Holbein
1345–1358 Hiltrudis von Königsegg
1358–1365 Christina II. von Stegen
1365–1368 Engeltrudis II. Martinen
1368–1370 Katharina II. Ledermann
1370–1375 Margarethe I. Salzl
1375–1383 Anna IV. Humpis
1383–1392 Christina II. Holbein
1392–1394 Fida Humpis
1394–1400 Margarethe II. Wiellin
1400–1403 Ursula I. von Brasberg
1403–1406 Adelheid III. Abtsreuter
…
1438–1444 Anna V. Schenkin
1444–1457 Wandelburgis
1457–1462 Waldburgis Aigler
1462–1471 Anna VI. von Räns
1471–1504 Margarethe III vom Feld
1504–1520 Verena vom Feld
1520–1529 Anna VII. Schlaibegg
1529–1535 Margarethe IV Brock
1535–1583 Anna VIII. Wittmeyer
1583–1598 Ursula II. Steinhauer
1598–1625 Elisabeth IV. Hartmann
1625–1630 Juliana Rembold
1630–1644 Katharina III. Rueff
1644–1653 Barbara I. Weglin
1653–1672 Maria-Scholastica Klocker
1672–1688 Barbara II. Sauther
1688–1722 Anna IX. Tanner
1722–1723 Anna X. Haug
1723–1751 Magdalena von Dürrheim
1751–1768 Cäcilia Seitz
1768–1802 Bernarda von Markdorf
1802–1803 Xaveria Lohmiller († 1836)
Literatur
Günther Albrecht: Die Uranfänge des Klosters Baindt. In: Württembergische Vierteljahrshefte für Landesgeschichte, Bd. 12 (1889), S. 168–170 (PDF des gesamten Jahrgangs)
Otto Beck: Baindt. Hortus floridus. Geschichte und Kunstwerke der früheren Zisterzienserinnen-Reichsabtei. Festschrift zur 750-Jahrfeier der Klostergründung, 1240–1990. Schnell und Steiner, München und Zürich 1990, ISBN 3-7954-0727-3.
Otto Beck: Kath. Pfarrkirche St. Johannes Baptist in Baindt. Kunstverlag Josef Fink, Lindenberg, ISBN 3-931820-87-4.
Gebhard Mehring: Zur Geschichte des Klosters Baindt. In: Württembergische Vierteljahrshefte für Landesgeschichte, N. F., Bd. 14 (1905), S. 343 f. (PDF des gesamten Jahrgangs)
Ursula Riechert: Oberschwäbische Reichsklöster im Beziehungsgeflecht mit Königtum, Adel und Städten (12. bis 15. Jahrhundert). Dargestellt am Beispiel von Weingarten, Weissenau und Baindt. Lang, Frankfurt am Main u. a. 1986, ISBN 3-8204-8617-8 (zugl. Dissertation, FU Berlin 1984)
Leodegar Walter: Das Totenbuch des Cistercienserfrauenklosters Baindt. In: Württembergische Vierteljahrshefte für Landesgeschichte, N. F. Bd. 26 (1917), S. 230–252 (Digitalisat)
Leodegar Walter: Die Äbtissinnen des Cistercienserklosters Baindt, in: Schriften des Vereins für Geschichte des Bodensees und seiner Umgebung, 56. Jg. 1928, S. 115–218 (Digitalisat)
Leodegar Walter: Die Konventmitglieder des Cistercienser-Frauenklosters Baindt. In: Cistercienser Chronik, Bd. 52 (1940) S. 89–93, 107–111, 141–143, 150–154