Der Bach entspringt bei der Ortschaft Reiting (Gemeinde Sankt Aegidi), an der Gemeindegrenze Engelhartszell/St. Aegidi, am Feichtberg auf etwa 640 m ü. A., und fließt in südöstlicher Richtung über das Sauwaldplateau, nimmt den Klaffenbach (ebenfalls vom Feichtberg) auf, und führt am Rand des Hörzinger Walds entlang, wo er die Gemeindegrenze zu Natternbach bildet. Er biegt dann bei Straß ob St. Sixt, einer Ortschaft der Gemeinde Neukirchen am Walde, nach Norden. Ab Sittling, Gemeinde Waldkirchen am Wesen, wo auch der Perlbach (mit Moserbach) von Sankt Aegidi her mündet, tieft er sich in eine Klamm, die die Gemeindegrenze zu Waldkirchen und dann wieder Engelhartszell bildet, und mündet auf 284 m oberhalb von Wesenufer mit dem Bärenbach in die Donau.
In der Klamm liegt die Burgruine Harchheim, auch Ruine Burgstall bezeichnet.
Naturschutzgebiet
Das Naturschutzgebiet Tal des Kleinen Kößlbaches (Listeneintrag) umfasst den Unterlauf des Kleinen Kößlbaches und ist mit 67,2427 Hektar ausgewiesen. Es liegt auf Gemeindegebiet von St. Aegidi, Neukirchen a.W. und Engelhartszell, und wurde 1996 festgelegt.[4]
Der Kleine Kößlbach – Porträt eines Talschlucht-Ökosystems. In: Naturkundliche Station der Stadt Linz (Hrsg.): ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz. Jahrgang 5, Heft 4, Linz 1983, S. 3–10 (zobodat.at [PDF; 2,1 MB]).