Der Verein wurde am 5. Februar 2015 gegründet. Die erste Saison startete man in der dritten Liga, der Regional League Division 2. Man spielte in der North/East-Region und wurde auf Anhieb Meister. Wegen eines Strafverfahren wurde der Verein nach acht Spielen gesperrt. Der Verein wurde aber vom thailändischen Gerichtshof freigesprochen und man kehrte 2018 zurück. Die Saison 2018 schloss der Verein mit einem 2. Platz ab. 2019 wurde der Verein Meister seiner Liga und stieg somit in die Zweite Liga, die Thai League 2, auf. Die Saison 2020/21 schloss Khon Kaen mit dem vierten Platz ab. In den Aufstiegsspielen konnte man sich gegen den Nakhon Pathom United FC durchsetzen und man stieg in die erste Liga auf.
Der Verein trägt seine Heimspiele im Khon Kaen Provincial Administrative Organization Stadium (thailändischสนาม อบจ.ขอนแก่น) in Khon Kaen aus. Das Mehrzweckstadion hat ein Fassungsvermögen von 7.000 Zuschauern und ist Eigentum der Khon Kaen Provincial Administrative.