Józef Pazdur studierte von 1947 bis 1951 Theologie und Philosophie am Großen Seminar in Breslau. Der Erzbischof von Gnesen und Warschau, Stefan Wyszyński, spendete ihm am 23. Dezember 1951 die Priesterweihe. Er war Pfarrer von der Unbefleckten Empfängnis der Seligen Jungfrau Maria in Chojnowo. Von 1959 bis 1965 absolvierte er ein Aufbaustudium an der Päpstlichen Universität Gregoriana in Rom, das er mit dem theologischen Lizenziat im Fachgebiet Dogmatik abschloss. Anschließend war er Dozent am Priesterseminar in Breslau. In den Jahren 1965 bis 1971 und 1974 bis 1985 war er Spiritual am Breslauer Seminar.