Seit 1990 war er Konsultor des Päpstlichen Rates für die Laien und Mitglied der Kongregation für die Bischöfe. 1999 wurde Michalik stellvertretender Vorsitzender der Polnischen Bischofskonferenz und 2004 Vorsitzender; er trat die Nachfolge von Kardinal Józef Glemp an. Am 10. März 2009 wurde er für eine weitere fünfjährige Amtszeit als Vorsitzender wiedergewählt. Er ist seit dem 30. September 2011 Vizepräsident im Rat der europäischen Bischofskonferenzen CCEE.[3]
Am 30. April 2016 nahm Papst Franziskus seinen altersbedingten Rücktritt an.[4]
Wirken
2005 erarbeitete Michalik zusammen mit Kardinal Karl Lehmann die Gemeinsame Erklärung der Deutschen und der Polnischen Bischofskonferenz aus Anlass des 40. Jahrestages des Briefwechsels von 1965. Damit wurde auf den seit 1965 laufenden historischen Briefwechsel zwischen beiden Bischofskonferenzen aufgebaut.
Im Streit um das polnische Verfassungsgericht unterstützte er die rechtskonservative Regierungspartei „Recht und Gerechtigkeit“ und kritisierte die Opposition scharf.[5]
Kritik
Michalik geriet wegen Aussagen zum Kindesmissbrauch 2013 in die Kritik: „‚Wir hören oft, dass dieses unangemessene Verhalten vorkommt, wenn ein Kind nach Liebe sucht‘, sagte er laut polnischer Nachrichtenagentur PAP. Viele Missbrauchsfälle könnten ‚bei einer gesunden Beziehung zwischen den Eltern vermieden werden‘“. Nach Protesten entschuldigte er sich für diese Aussage.[6][7]