Zum Erzbischof von Bratislava-Trnava wurde Ján Sokol am 26. Juli 1989 ernannt. Die feierliche Amtseinführung erfolgte am 10. September 1989. Seit dem 31. August 2000 war Sokol auch Vorsitzender der slowakischen Bischofskonferenz.
Am 14. Februar 2008 ernannte ihn Papst Benedikt XVI. zum Erzbischof des wiedererrichteten Erzbistums Trnava. Papst Benedikt XVI. nahm am 18. April 2009 das gemäß kanonischem Recht aus Altersgründen vorgeschriebene Rücktrittsgesuch von Ján Sokol an[1] und ernannte den RedemptoristenRóbert Bezák zu seinem Nachfolger.
Presseberichten zufolge sei Sokol bis zur Samtenen Revolution 1989 ein Spitzel der kommunistischen Staatssicherheit StB gewesen.[2] In einer Gedenkmesse für Jozef Tiso 2008 sagte er, die Diktatur Tisos sei eine „Zeit des relativen Wohlstandes“ für die Slowakei gewesen.[3]