Joseph Nguyễn Chí Linh wuchs als Sohn christlicher Eltern in bescheidenen Verhältnissen auf. Er besuchte das Kleine Seminar in Nha Trang (1962–67), das Kolleg "Göttliche Vorsehung" in Huế (1967/68), das Kolleg "Guter Hirte" in Nha Trang (1968/70) und das Päpstliche Kolleg in Đà Lạt (1970/1977).
Aufgrund der politischen Ereignisse in seiner Heimat, musste er zu seiner Familie zurückkehren und 14 Jahre lang hart arbeiten, wobei er jedoch gleichzeitig als Praktikant in der Pfarrei Song My (Phan Tang, Ninh Thuan) tätig war. Am 20. Dezember 1992 empfing er die Priesterweihe für das Bistum Nha Trang. Danach war er drei Jahre lang Vikar in Phuoc Thien. Von 1995 bis 2003 studierte er am Institut catholique de Paris, wo er in Philosophiepromoviert wurde.
Im November 2003 kehrte er in seine Heimatdiözese zurück. Bis zum Zeitpunkt seiner Ernennung zum Bischof war er als Professor am Großen Seminar in Nha Trang tätig.
Anmerkung: Bei diesem vietnamesischen Namen lautet der Familienname Nguyễn, in westlichen Texten ist die Schreibweise oft vereinfacht Joseph Chí Linh. Gemäß dem vietnamesischen Brauch sollte die Person – auch in formalen Situationen – mit ihrem Rufnamen {{{3}}} bezeichnet werden.